Ochrona gatunkowa zwierząt ma na celu zapewnienie przetrwania i właściwego stanu ochrony dziko występujących na terenie kraju lub innych państw członkowskich Unii Europejskiej rzadkich, endemicznych, podatnych na zagrożenia i zagrożonych wyginięciem oraz objętych ochroną na podstawie przepisów i umów międzynarodowych, których Polska jest stroną, gatunków oraz ich siedlisk i ostoi, a także zachowanie różnorodności gatunkowej i genetycznej.
Spośród wszystkich gatunków występujących w Polsce do gatunków objętych ścisłą ochroną zaliczono 588 gatunków zwierząt, w tym: 92 gatunki bezkręgowców oraz 496 gatunków kręgowców: 50 gatunków ssaków, 426 gatunków ptaków, 5 gatunków gadów, 10 gatunków płazów i 5 gatunków ryb, a także 415 gatunków roślin (w tym 270 gatunków roślin nasiennych) oraz 232 gatunki grzybów.
Zagrożone wyginięciem
Według Polskiej Czerwonej Księgi Zwierząt spośród gatunków zagrożonych wyginięciem (krytycznie zagrożonych [CR], zagrożonych [EN] i narażonych [VU] – według kategorii Międzynarodowej Unii Ochrony Przyrody IUCN) w Polsce żyje 61 gatunków zwierząt, w tym 13 gatunków ssaków, 34 gatunki ptaków i 9 gatunków ryb. W Polskiej Czerwonej Księdze Roślin zostało wymienionych 315 gatunków roślin zagrożonych wyginięciem.
Drapieżniki
W Polsce występują trzy duże drapieżniki: niedźwiedź brunatny (Ursus arctos), ryś (Lynx lynx) i wilk (Canis lupus). Wszystkie są gatunkami chronionymi przez polskie prawo (niedźwiedź od 1952 r., ryś od 1995 r., wilk od 1998 r.). W 2019 r. w stanie dzikim odnotowano 369 niedźwiedzi, 545 rysi, natomiast jedna z największych w Europie populacji wilka liczyła 3 222 osobniki. Od 2000 r. populacja tych gatunków wzrosła odpowiednio o: 213%, 91% i 197%.
Największa populacja żubra na świecie
Polsce znajduje się największa na świecie populacja żubra (Bison bonasus), którego ochrona sięga XVI w. Od 1947 r. prowadzona jest w Polsce Księga Rodowodowa Żubrów, w której znajduje się imienny spis wszystkich żubrów żyjących w hodowli oraz liczebność żubrów żyjących na wolności. Wolno żyjące stada tego gatunku występują jedynie w Polsce, Rosji, Niemczech, Rumunii, na Białorusi, Ukrainie, Litwie i Słowacji. W 2019 r. liczebność tego największego europejskiego roślinożercy wyniosła 2 269 osobników, co stanowiło wzrost o 217% względem 2000 r. W Polsce żyje krytycznie zagrożony podgatunek kozicy północnej (Rupicapra rupicapra) – kozica tatrzańska (Rupicapra rupicapra tatrica), który jest chroniony od 1868 r. Populacja w 2019 r. liczyła 379 osobników. Od 2000 r. nastąpił ponad 3-krotny wzrost tego gatunku.
Wzrost liczby bobrów
Największym europejskim gryzoniem jest bóbr europejski (Castor fiber), objęty w Polsce ochroną od 1952 r. W 2019 r. odnotowano ok. 137 tys. bobrów, czyli od 2000 r. populacja zwiększyła się ponad 4,5-krotnie.
Najbardziej zagrożone ptaki
Cietrzew (Lyrurus tetrix) i głuszec (Tetrao urogallus) należą do najbardziej zagrożonych ptaków zarówno na świecie, jak i w Polsce. W 1995 r., z powodu wyraźnego spadku ich liczebności, te leśne kuraki zostały objęte ścisłą ochroną gatunkową, a ich tokowiska ochroną strefową. Według Polskiej Czerwonej Księgi Zwierząt głuszec ma status gatunku skrajnie zagrożonego, zaś cietrzew zagrożonego. W 2019 r. populacja cietrzewia liczyła 259 osobników. Od 2000 r. zmalała o 89%, a w stosunku do 2018 r. o 11%. Populacja głuszca w 2019 r. liczyła 485 osobników i wzrosła od 2000 r. o 3%, a w stosunku do 2018 r. zmniejszyła się o 13%.
Szkody wyrządzone przez zwierzęta prawnie chronione
Niedźwiedź, ryś, wilk, żubr i bóbr to gatunki, których sposób bytowania może powodować szkody w uprawach, lesie, pasiekach i w hodowli zwierząt gospodarskich. Wypłata odszkodowań za szkody wyrządzone przez zwierzęta prawnie chronione dokonywana jest na mocy ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody. Skarb Państwa odpowiada za szkody wyrządzone przez: niedźwiedzie (w pasiekach, w pogłowiu zwierząt gospodarskich oraz w uprawach rolnych), rysie (w pogłowiu zwierząt gospodarskich), wilki (w pogłowiu zwierząt gospodarskich), żubry (w uprawach, płodach rolnych lub w gospodarstwie leśnym) i bobry (w gospodarstwie rolnym, leśnym lub rybackim).
W 2019 r. zgłoszono 7 475 szkód wyrządzonych przez zwierzęta prawnie chronione. Najwięcej zgłoszonych szkód było wyrządzonych przez bobry (6 106), stanowiąc 82% wszystkich zgłoszeń, zaś najmniej szkód dotyczyło rysi (16). Z tytułu odszkodowań wypłacono 29,5 mln zł, przy czym 90% tej kwoty stanowiły odszkodowania wyrządzone przez bobry. Średnio za jedno zgłoszenie szkód wyrządzonych przez bobry wypłacano 4,4 tys. zł.